长江中下游江段中华绒螯蟹地理种群和养殖种群遗传多样性研究
分析了安庆、当涂、靖江、南通、铜陵、镇江六个江段的野生中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)及太湖和池塘的两个养殖种群共8个种群193个个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)基因序列，比对长度包括537个位点，其中变异位点47个，简约信息位点31个。基因序列碱基A+T(62.88%)含量明显高于碱基G+C(37.12%)的含量，表现出较为明显的碱基组成偏倚性。193个个体共含28种单倍型，Hap 1和Hap 2为明显的优势单倍型。单倍型Hap 22为2个种群(太湖和铜陵)共享，单倍型Hap 14、Hap 15、Hap 16以及Hap 17为靖江种群所特有的单倍型。样本总体遗传多样性指数较高，其单倍型多样性指数(Hd)为0.597±0.002，核苷酸多样性指数(Pi)为0.0039。各水系野生种群遗传多样性分析表明，池塘种群单倍型多样性指数最高(Hd=0.850±0.006)，靖江种群最低(Hd=0.261±0.013)。靖江种群与安庆种群间遗传距离最小(D=0.8658)，推测靖江与安庆种群间基因交流较多。
目录
摘要 1
关键词 1
Abstract 1
Keywords 1
引言 2
1 材料与方法 2
1．1 实验材料 2
1．2 实验方法 3
1．2．1 基因组总DNA的提取 3
1．2．2 PCR扩增与测序 3
1．3 统计分析 3
2 结果与分析 4
2．1 mtDNA序列测定及碱基特征 4
2．2 COI基因片段的多态性分析 5
2．3 中华绒螯蟹各种群内遗传多样性分析 5
2．4 中华绒螯蟹各种群间遗传多样性分析 6
3 结论 7
4 讨论 8
致谢 8
参考文献 9
长江中下游江段中华绒螯蟹地理种群和养殖种群遗传多样性研究
引言
中华绒鳌蟹(Eriocheir sinensis)又名河蟹、螃蟹、毛蟹，在分类学上隶属于节肢动物门(Arthropoda)、有颗动物亚门(Mandibul *好棒文|www.hbsrm.com +Q: ￥351916072$
ata)、甲壳总纲(crustacea)、软甲纲(Iacostraca)、真软甲亚纲(Eumalacostraca)、真虾总目(Eucarida)、十足目(Decopoda)、腹胚亚目(Pleocyemata)、短尾下目(Brachyura)、短额派(Brachyrhyncha)、方蟹科(Grapsidae)、绒鳌蟹属(Eriocheir)，是经济价值较高的蟹类[1]。中华绒鳌蟹在我国地理分布范围很广，虽然原来仅局限于环黄海沿岸地区，包括我国辽宁、河北、天津、山东等北方诸省市以及朝鲜半岛西部，但后来分布区不断扩大，南起北纬24°，北至北纬42°43°，东自东经124°的鸭绿江口，西至东经112°的湖北沙市均有分布，所在流域有辽河、黄河、长江、既江、闽江等[2]。
与瓯江、辽河等水系的中华绒螯蟹相比，长江水系中华绒螯蟹具有生长速度快、个体大、肉质品质优等特点，深受消费者青睐。20世纪60年代于长江口发现大眼幼体(蟹苗)，推动了中国中华绒螯蟹增养殖业的迅猛发展[3]。此后由于长江口天然蟹苗和长江干流中成蟹被过度捕捞，加上江湖建闸以及水质污染等因素，从1982年起长江中华绒螯蟹天然蟹苗资源开始衰退，自然产苗量已不能满足生产的需求[4]。1984年起辽河水系中华绒螯蟹苗种开始被大量引入南方，但辽河水系中华绒螯蟹天然资源量同样很不稳定，因此瓯江水系中华绒螯蟹苗种亦被大量开发应用。多年来，由于各水系中华绒螯蟹无序引种，中华绒螯蟹种质混杂情况已越来越严重[3–6]。因此，选择合适的分子标记研究长江水系中华绒螯蟹天然种群遗传多样性格局为其种质资源保护的当务之急。
针对该物种，有学者研究过绒螯蟹属不同物种的分类地位[7–9]、不同水系中华绒螯蟹种群形态学[10–13]、蛋白质水平[14–16]、DNA[17–25]水平上的种质特征、遗传差异以及系统发育过程[26–27]，但对当前不同水系中华绒螯蟹种群间基因交流和种质混杂的研究较少。近年来，DNA条形码(DNA barcode)技术发展迅速［28］。线粒体DNA的细胞色素氧化酶I亚基(cytochrome oxidasesubunit I，COI)基因因其长度适宜、进化速率慢、富含系统发育信息以及易被通用引物所扩增等特点而被广泛用于条形码分析［2831］。例如基于COI基因655bp碱基片段的分析，Ward等有效地区分了澳大利亚207种海洋鱼类［30］。MtDNA COI基因具有进化速率适中的特点，可作为种属系统进化研究的良好标记，在种群遗传多样性的研究上也有广泛的应用。
本研究选取长江下游中华绒螯蟹6个地理种群和2个养殖种群193只样本的中华绒螯蟹mtDNA COI基因序列片段进行了扩增测序和对种群遗传特性的研究，为进一步开展中华绒螯蟹种群分子遗传多样性分析、种质资源的研究和增殖放流评估与保护提供基础资料。
1 材料与方法
1．1 实验材料
2014年中华绒螯蟹汛期内在长江下游安庆、铜陵、当涂、镇江、靖江和南通江段以及太湖和池塘的养殖种群(图1)共随机测定样本193只。体重均值为123±62g。样品进行传统分类方法鉴定和生物学测量后，取中华绒螯蟹的螯肢肌肉组织，置于?80℃保存备用。
图1 采样点地图
Fig.1 Map of the sampling sites
1．2 实验方法
1．2．1 基因组总DNA的提取
取50mg左右中华绒螯蟹螯肢肌肉组织，放入1.5ml eppendorf管中剪碎，采用OMEGA公司的E.Z.N.A.TMSE Blood DNA Kit试剂盒法提取中华绒螯蟹基因组DNA，具体步骤为:
1).在挑选好的备提取DNA的组织样中加入460μL?STE，20μL 10mg/mlPK，20μL??10?%SDS，65°完全消化1.5小时后，加入30μL 无水乙醇，振荡混匀，12000转离心2分钟，将上清液至吸附柱；
目录
摘要 1
关键词 1
Abstract 1
Keywords 1
引言 2
1 材料与方法 2
1．1 实验材料 2
1．2 实验方法 3
1．2．1 基因组总DNA的提取 3
1．2．2 PCR扩增与测序 3
1．3 统计分析 3
2 结果与分析 4
2．1 mtDNA序列测定及碱基特征 4
2．2 COI基因片段的多态性分析 5
2．3 中华绒螯蟹各种群内遗传多样性分析 5
2．4 中华绒螯蟹各种群间遗传多样性分析 6
3 结论 7
4 讨论 8
致谢 8
参考文献 9
长江中下游江段中华绒螯蟹地理种群和养殖种群遗传多样性研究
引言
中华绒鳌蟹(Eriocheir sinensis)又名河蟹、螃蟹、毛蟹，在分类学上隶属于节肢动物门(Arthropoda)、有颗动物亚门(Mandibul *好棒文|www.hbsrm.com +Q: ￥351916072$
ata)、甲壳总纲(crustacea)、软甲纲(Iacostraca)、真软甲亚纲(Eumalacostraca)、真虾总目(Eucarida)、十足目(Decopoda)、腹胚亚目(Pleocyemata)、短尾下目(Brachyura)、短额派(Brachyrhyncha)、方蟹科(Grapsidae)、绒鳌蟹属(Eriocheir)，是经济价值较高的蟹类[1]。中华绒鳌蟹在我国地理分布范围很广，虽然原来仅局限于环黄海沿岸地区，包括我国辽宁、河北、天津、山东等北方诸省市以及朝鲜半岛西部，但后来分布区不断扩大，南起北纬24°，北至北纬42°43°，东自东经124°的鸭绿江口，西至东经112°的湖北沙市均有分布，所在流域有辽河、黄河、长江、既江、闽江等[2]。
与瓯江、辽河等水系的中华绒螯蟹相比，长江水系中华绒螯蟹具有生长速度快、个体大、肉质品质优等特点，深受消费者青睐。20世纪60年代于长江口发现大眼幼体(蟹苗)，推动了中国中华绒螯蟹增养殖业的迅猛发展[3]。此后由于长江口天然蟹苗和长江干流中成蟹被过度捕捞，加上江湖建闸以及水质污染等因素，从1982年起长江中华绒螯蟹天然蟹苗资源开始衰退，自然产苗量已不能满足生产的需求[4]。1984年起辽河水系中华绒螯蟹苗种开始被大量引入南方，但辽河水系中华绒螯蟹天然资源量同样很不稳定，因此瓯江水系中华绒螯蟹苗种亦被大量开发应用。多年来，由于各水系中华绒螯蟹无序引种，中华绒螯蟹种质混杂情况已越来越严重[3–6]。因此，选择合适的分子标记研究长江水系中华绒螯蟹天然种群遗传多样性格局为其种质资源保护的当务之急。
针对该物种，有学者研究过绒螯蟹属不同物种的分类地位[7–9]、不同水系中华绒螯蟹种群形态学[10–13]、蛋白质水平[14–16]、DNA[17–25]水平上的种质特征、遗传差异以及系统发育过程[26–27]，但对当前不同水系中华绒螯蟹种群间基因交流和种质混杂的研究较少。近年来，DNA条形码(DNA barcode)技术发展迅速［28］。线粒体DNA的细胞色素氧化酶I亚基(cytochrome oxidasesubunit I，COI)基因因其长度适宜、进化速率慢、富含系统发育信息以及易被通用引物所扩增等特点而被广泛用于条形码分析［2831］。例如基于COI基因655bp碱基片段的分析，Ward等有效地区分了澳大利亚207种海洋鱼类［30］。MtDNA COI基因具有进化速率适中的特点，可作为种属系统进化研究的良好标记，在种群遗传多样性的研究上也有广泛的应用。
本研究选取长江下游中华绒螯蟹6个地理种群和2个养殖种群193只样本的中华绒螯蟹mtDNA COI基因序列片段进行了扩增测序和对种群遗传特性的研究，为进一步开展中华绒螯蟹种群分子遗传多样性分析、种质资源的研究和增殖放流评估与保护提供基础资料。
1 材料与方法
1．1 实验材料
2014年中华绒螯蟹汛期内在长江下游安庆、铜陵、当涂、镇江、靖江和南通江段以及太湖和池塘的养殖种群(图1)共随机测定样本193只。体重均值为123±62g。样品进行传统分类方法鉴定和生物学测量后，取中华绒螯蟹的螯肢肌肉组织，置于?80℃保存备用。
图1 采样点地图
Fig.1 Map of the sampling sites
1．2 实验方法
1．2．1 基因组总DNA的提取
取50mg左右中华绒螯蟹螯肢肌肉组织，放入1.5ml eppendorf管中剪碎，采用OMEGA公司的E.Z.N.A.TMSE Blood DNA Kit试剂盒法提取中华绒螯蟹基因组DNA，具体步骤为:
1).在挑选好的备提取DNA的组织样中加入460μL?STE，20μL 10mg/mlPK，20μL??10?%SDS，65°完全消化1.5小时后，加入30μL 无水乙醇，振荡混匀，12000转离心2分钟，将上清液至吸附柱；
版权保护: 本文由 hbsrm.com编辑，转载请保留链接: www.hbsrm.com/nongxue/scyz/83.html
