太湖银鱼种类分布特点及线粒体dna控制区序列初步分析
1关键词 1Abstract 1Key words 2引言（或绪论）21 材料和方法 21. 1 样本采集及处理 21. 2 基因组DNA制备 31. 3 引物设计、PCR扩增及电泳检测 31. 4 PCR产物纯化及测序 41. 5 数据处理 42 结果 4 2. 1 太湖银鱼的种类分布特点和太湖银鱼种群生物学测定 42. 2 太湖银鱼线粒体控制区（D-loop）序列 52. 3 BLAST结果 63 讨论与结论6 3. 1 关于太湖银鱼的种类及其分布 63. 2 关于太湖短吻银鱼的春群和秋群 63. 3 有待进一步开展的工作 6致谢 7参考文献 7太湖银鱼种类分布特点及线粒体DNA控制区序列初步分析银鱼科（Salangidae）鱼类是一群以其幼态持续为特征的小型名贵经济鱼类，自古以来适应着特殊生境生息繁衍，在太湖等水域形成地域性渔业，并达到一定规模。据报道，我国有2亚科6属15种，太湖有5种。对于太湖银鱼的种类分布，目前不同的文献有各种各样的说法，倪勇的《太湖鱼类志》[1]认为太湖银鱼有大银鱼（Protosalanginae）、乔氏短吻银鱼（Salngichthys jordani）、陈氏短吻银鱼（Salangichthys tangkahkeii）、短吻间银鱼（Hemisalanx brachyrostris）。针对目前太湖银鱼种类分布研究结果不一致的情况，我们对太湖银鱼进行定点捕捞，对其进行形态分类。由于银鱼本身个体较小，根据银鱼形态进行分类存在一定困难和不准确性，所以对太湖银鱼样品进行线粒体DNA（mitochodrial DNA,mtDNA）控制区（displacement loop,D-loop）序列的分析，弥补形态分类的不足之处。发现太湖只有三种银鱼，分别为大银鱼，乔氏短吻银鱼和陈氏短吻银鱼；对银鱼的D-loop序列进行PCR（聚合酶链式反应）扩增，发现大银鱼和乔氏短吻银鱼碱基组成中A+T的含量均大于大于对应的G+C的含量，还发现银鱼D-loop序列变异性较大。
目录
引言
银鱼是银鱼科鱼类的总称，分布于太平洋西北沿岸,亚洲东部近海、河口河流及内陆湖泊。作为东亚特有的一年生小型鱼类，银鱼科鱼类隶属于辐鳍鱼纲（Actinopterygii）,胡瓜鱼目(Osmeriformes)，胡瓜鱼亚目(Osmeroi *好棒文|www.hbsrm.com +Q: @351916072@
dei)。我国具有非常丰富的银鱼物种资源，其中的一些种类具有很高的经济价值。
太湖银鱼是“太湖三宝”之一，具有极其重要的经济价值。太湖盛产的银鱼是指银鱼科的一类小型鱼类,包括大银鱼、太湖新银鱼(Neosalanx tangkahkeiitaihuensis Chen )、寡齿短吻银鱼(Neosalanx oligodontis Chen )和雷氏银鱼(Regansalanx branchyrostralis)4种,但以大银鱼和太湖新银鱼为主。其中在20世纪80年代前大银鱼和太湖新银鱼占银鱼产量的95%以上,而90年代后大银鱼产量急剧减少,仅占1%左右。近10年来太湖新银鱼成为太湖银鱼渔获量的主要组成鱼类。
银鱼由于个体较小，形态结构研究存在一定的困难，因此对银鱼的分类、系统发育研究一直存在许多分歧。太湖有几种银鱼，不同的学者有不同的说法，一般认为太湖有4种银鱼。陈宁生[2]报道太湖银鱼有寡齿短吻银鱼（N. oligodontis）、雷氏银鱼（Reganisalanx brachyrostralis）、大银鱼、太湖短吻银鱼（Neosalanx brevirostris）；朱松泉[3]报道有大银鱼、太湖新银鱼、寡齿新银鱼（Neosalanx oligodontis）和短吻间银鱼（Hemisalanx brachyrostralis）四种。朱成德[4]在太湖银鱼产量与水位关系的数理统计分析中报道有大银鱼、太湖短吻银鱼（太湖新银鱼的同种异名）、寡齿短吻银鱼（寡齿新银鱼的同种异名）和雷氏银鱼四种；邓思明等[5]报道中则有一种新银鱼；还有报道[6]陈氏短吻银鱼（或称陈氏新银鱼）、乔氏短吻银鱼（或称乔氏新银鱼）、居氏银鱼和近太湖新银鱼，前两者与太湖新银鱼、寡齿短吻银鱼为同物异名，因此太湖中有大银鱼、太湖新银鱼、寡齿短吻银鱼是共识。张玉玲[7]）在银鱼属SALANX模式种的同名、异名和分布中指出淡水中所称的居氏银鱼应为短吻间银鱼，居氏银鱼的产地为我国沿海，目前尚未在淡水内发现。多位学者提到太湖中有雷氏银鱼（R. brachyrostralis和N. reganius），对种的特征描述不一，而且解玉浩[8]认为雷氏新银鱼（Neosalanx regan）是日本特有种。所以倪勇、朱成德认为太湖中分布的雷氏银鱼可能是短吻间银鱼。由此可见，太湖中银鱼虽然种类不多， 但分类一直存在争议， 并不能完全确定有哪些种类。
线粒体DNA(Mitochondrial DNA，mtDNA)具有母性遗传、进化速度快、核苷酸替代率高等特点，已成为鱼类进化生物学和群体遗传学研究的重要遗传标记 。线粒体DNA基因组内不同的区域进化速度存在差异，适合不同水平的进化研究。在mtDNA上，位于tRNAPro和tRNAPhe基因之间的线粒体DNA控制区(Dloop)是整个mtDNA上序列和长度变异最大的区域，也线粒体基因中进化最快的部分，适用于种群水平差异的检测，也可用于种间分析。
综上所述，太湖银鱼的分类一直存在争议性；太湖银鱼种群动态的研究主要集中在上世纪八、九十年代，缺乏相关最新研究资料；太湖银鱼种质现状研究比较缺乏。本研究拟通过对太湖银鱼的定点捕捞调查，掌握太湖银鱼优势种的种群动态及其变化规律；基于太湖银鱼线粒体DNA控制区(Dloop)序列特征，结合Genebank中其它银鱼的相关序列数据，分析、整理太湖银鱼的分类、物种有效性，构建太湖银鱼种间的系统发育关系；基于线粒体DNA序列差异客观评价太湖银鱼种质遗传现状，以期为其种质资源保护、遗传多样性的研究积累基础资料。
1 材料与方法
1．1 样本采集及处理
本实验所用样品均来自2013年12月2627日的太湖银鱼捕捞调查。采样点分布整个太湖，共六个采样区（见图1）。采样网具为银鱼飞机网，每个采样区拖拽一段距离收集渔获物（起、始点具体位置见表1）。渔获物加冰块运回实验室分析鉴定，用于分子生物学研究的样品保存于95℅酒精中。银鱼分类参照《太湖鱼类志》。生物学测量大银鱼、陈氏短吻银鱼和乔氏短吻银鱼的平均体长和体重。
图1 太湖银鱼调查采样点分布图
表1 太湖银鱼调查采样点经纬度
采样点
起点(Pn1)经纬度
终点(pn2)经纬度
北纬(N)
东经(E)
北纬(N)
东经(E)
P1
31°19.345′
120°2.959′
31°17.002′
120°1.719′
P2
31°7.464′
120°0.846′
31°5.316′
120°1.111′
P3
31°3.731′
120°8.74′
31°4.152′
120°10.206′
目录
引言
银鱼是银鱼科鱼类的总称，分布于太平洋西北沿岸,亚洲东部近海、河口河流及内陆湖泊。作为东亚特有的一年生小型鱼类，银鱼科鱼类隶属于辐鳍鱼纲（Actinopterygii）,胡瓜鱼目(Osmeriformes)，胡瓜鱼亚目(Osmeroi *好棒文|www.hbsrm.com +Q: @351916072@
dei)。我国具有非常丰富的银鱼物种资源，其中的一些种类具有很高的经济价值。
太湖银鱼是“太湖三宝”之一，具有极其重要的经济价值。太湖盛产的银鱼是指银鱼科的一类小型鱼类,包括大银鱼、太湖新银鱼(Neosalanx tangkahkeiitaihuensis Chen )、寡齿短吻银鱼(Neosalanx oligodontis Chen )和雷氏银鱼(Regansalanx branchyrostralis)4种,但以大银鱼和太湖新银鱼为主。其中在20世纪80年代前大银鱼和太湖新银鱼占银鱼产量的95%以上,而90年代后大银鱼产量急剧减少,仅占1%左右。近10年来太湖新银鱼成为太湖银鱼渔获量的主要组成鱼类。
银鱼由于个体较小，形态结构研究存在一定的困难，因此对银鱼的分类、系统发育研究一直存在许多分歧。太湖有几种银鱼，不同的学者有不同的说法，一般认为太湖有4种银鱼。陈宁生[2]报道太湖银鱼有寡齿短吻银鱼（N. oligodontis）、雷氏银鱼（Reganisalanx brachyrostralis）、大银鱼、太湖短吻银鱼（Neosalanx brevirostris）；朱松泉[3]报道有大银鱼、太湖新银鱼、寡齿新银鱼（Neosalanx oligodontis）和短吻间银鱼（Hemisalanx brachyrostralis）四种。朱成德[4]在太湖银鱼产量与水位关系的数理统计分析中报道有大银鱼、太湖短吻银鱼（太湖新银鱼的同种异名）、寡齿短吻银鱼（寡齿新银鱼的同种异名）和雷氏银鱼四种；邓思明等[5]报道中则有一种新银鱼；还有报道[6]陈氏短吻银鱼（或称陈氏新银鱼）、乔氏短吻银鱼（或称乔氏新银鱼）、居氏银鱼和近太湖新银鱼，前两者与太湖新银鱼、寡齿短吻银鱼为同物异名，因此太湖中有大银鱼、太湖新银鱼、寡齿短吻银鱼是共识。张玉玲[7]）在银鱼属SALANX模式种的同名、异名和分布中指出淡水中所称的居氏银鱼应为短吻间银鱼，居氏银鱼的产地为我国沿海，目前尚未在淡水内发现。多位学者提到太湖中有雷氏银鱼（R. brachyrostralis和N. reganius），对种的特征描述不一，而且解玉浩[8]认为雷氏新银鱼（Neosalanx regan）是日本特有种。所以倪勇、朱成德认为太湖中分布的雷氏银鱼可能是短吻间银鱼。由此可见，太湖中银鱼虽然种类不多， 但分类一直存在争议， 并不能完全确定有哪些种类。
线粒体DNA(Mitochondrial DNA，mtDNA)具有母性遗传、进化速度快、核苷酸替代率高等特点，已成为鱼类进化生物学和群体遗传学研究的重要遗传标记 。线粒体DNA基因组内不同的区域进化速度存在差异，适合不同水平的进化研究。在mtDNA上，位于tRNAPro和tRNAPhe基因之间的线粒体DNA控制区(Dloop)是整个mtDNA上序列和长度变异最大的区域，也线粒体基因中进化最快的部分，适用于种群水平差异的检测，也可用于种间分析。
综上所述，太湖银鱼的分类一直存在争议性；太湖银鱼种群动态的研究主要集中在上世纪八、九十年代，缺乏相关最新研究资料；太湖银鱼种质现状研究比较缺乏。本研究拟通过对太湖银鱼的定点捕捞调查，掌握太湖银鱼优势种的种群动态及其变化规律；基于太湖银鱼线粒体DNA控制区(Dloop)序列特征，结合Genebank中其它银鱼的相关序列数据，分析、整理太湖银鱼的分类、物种有效性，构建太湖银鱼种间的系统发育关系；基于线粒体DNA序列差异客观评价太湖银鱼种质遗传现状，以期为其种质资源保护、遗传多样性的研究积累基础资料。
1 材料与方法
1．1 样本采集及处理
本实验所用样品均来自2013年12月2627日的太湖银鱼捕捞调查。采样点分布整个太湖，共六个采样区（见图1）。采样网具为银鱼飞机网，每个采样区拖拽一段距离收集渔获物（起、始点具体位置见表1）。渔获物加冰块运回实验室分析鉴定，用于分子生物学研究的样品保存于95℅酒精中。银鱼分类参照《太湖鱼类志》。生物学测量大银鱼、陈氏短吻银鱼和乔氏短吻银鱼的平均体长和体重。
图1 太湖银鱼调查采样点分布图
表1 太湖银鱼调查采样点经纬度
采样点
起点(Pn1)经纬度
终点(pn2)经纬度
北纬(N)
东经(E)
北纬(N)
东经(E)
P1
31°19.345′
120°2.959′
31°17.002′
120°1.719′
P2
31°7.464′
120°0.846′
31°5.316′
120°1.111′
P3
31°3.731′
120°8.74′
31°4.152′
120°10.206′
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