rapd分析紫黑翼蚌的遗传多样性
本文运用RAPD技术对紫黑翼蚌（Potamilus alatus）的遗传多样性进行分析评估。从20个引物中筛选出了9个扩增条带清晰、重复性好的随机引物对紫黑翼蚌进行RAPD扩增，进行群体内的遗传学分析，共扩增出44条DNA片段，其中多态位点有24个，多态位点的比例为54.55%；Shannon遗传多样性指数为0.3048；Neis基因多样性指数为0.2062。结果表明从美国引进的这批紫黑翼蚌群体遗传多样性较高，种质状况良好。结果将为我国紫黑翼蚌有效繁育种群的建立和种质的保存提供重要理论指导。
目录
摘要1
关键词1
Abstract1
Key words1
引言（或绪论）1
1 材料与方法2
1.1 材料 2
1.2 方法 2
1.2.1 样品处理2
1.2.2 贝类基因组DNA的提取 2
1.2.3 RAPD反应方法 2
1.2.4 数据处理分析 3
2 结果与分析3
2.1 RAPD扩增结果3
2.2 遗传结构分析 3
3 讨论4
3.1 紫黑翼蚌的遗传多样性4
3.2 实验中的一些不足及注意事项4
致谢4
参考文献5
图1 紫黑翼蚌RAPD扩增电泳图谱6
表1各随机引物及其序列6
表2 9个各引物扩增所得的多态比率7
表 3 紫黑翼蚌各位点间的多样性指数和遗传多样性值的分布 7
RAPD分析紫黑翼蚌的遗传多样性
引言
紫黑翼蚌（Potamilus alatus），也称紫踵劈蚌[]，分布于美国南北的湖泊和河流，主要在密西西比河、大湖、墨西哥湾等流域，属大型淡水贝类，成蚌个体达20 cm以上，珍珠层厚实，呈紫黑色，且光滑细腻，极富光泽，外形、内部结构与我国三角帆蚌和褶纹冠蚌有一定的相似，主要栖息在淤泥或沙砾底质中[]。华丹的研究结果表明：紫黑翼蚌是培育紫黑色珍珠的优质品种，其个体的优势也是提高珍珠产量的保证[]。在美国弗吉尼亚州立理工大学淡水贝类保护中心（F *好棒文|www.hbsrm.com +Q: &351916072&
MCC），华丹通过一系列的繁殖生物学及生态学研究，首次突破了紫黑翼蚌的人工繁殖及早期幼蚌培育关键技术，2011年获得了世界上首批人工繁育的紫黑翼蚌幼蚌。2012年淡水渔业研究中心已从美国引进了该批人工繁育的紫黑翼蚌幼蚌。通过对紫黑翼蚌一年半的人工驯养及研究，已基本掌握了幼蚌的生物学、生态习性及生长发育规律，筛选出了适口饵料种类，总体成活率达到80%以上，这表明我国引进的首批紫黑翼蚌幼蚌不仅能适应目前的养殖条件和环境， 为进一步在国内突破紫黑翼蚌的人工繁育创造了重要条件。因此，在我国建立稳定的紫黑翼蚌繁育种群，掌握其种质状况和遗传背景十分必要。
Wiliams和Welsh在1990年建立的随机扩增多态DNA(RAPD)技术[],RAPD是建立于PCR基础之上的分子标记技术,基本原理是利用一个随机引物(810个碱基)通过PCR反应非定点地扩增DNA片段,之后用凝胶电泳分离扩增片段来进行DNA多态性研究.其优点是：(1)技术简单,检测速度快;(2)DNA用量少,实验设备简单,不需DNA探针;(3)引物是随机的,合成一套引物就可以用于不同生物基因组分析,一个引物就可扩增出许多片段;(4)不需要同位素,安全性好。所以以其独特的检测DNA多态性的方式很快渗透于基因研究的各个领域,现已广泛应用于家系分析及鉴定、种群及种系遗传分析、遗传连锁图的构建等方面。 RAPD 技术成功运用于研究贝类[]的种群遗传特性, 在海水贝类方面, 苏天凤等[]用RAPD技术对合浦珠母贝3 个养殖群体的多态性及遗传结构进行了分析；王爱民等[]对马氏珠母贝的遗传多样性进行RAPD分析；Andre 等[]运用RAPD 技术对幼贝进行物种分类。淡水贝类方面主要有华丹等[]用RAPD技术对三角帆蚌进行遗传多样性的研究。在国外, RAPD技术用于淡水双壳类和螺类[]的研究已有报导, 特别是对淡水有害种斑马贝[]的研究较多。
开展紫黑翼蚌遗传多样性分析评估，将为我国紫黑翼蚌建立有效的繁育种群和种质保存提供重要理论指导，为提高紫黑翼蚌的人工驯养提供参考,从而提高紫黑翼蚌的产珠能力和质量，进一步提升我国淡水珍珠在国际市场竞争力。
1 材料与方法
1．1 材料
紫黑翼蚌由中国水产科学院淡水研究中心于2012年从美国引进，于本中心淡水贝类实验室驯化饲养, 壳长69cm。
DNA提取主要试剂: 蛋白酶K、氯仿、异戌醇、异丙醇、无水乙醇、EDTA、SDS等。
PCR及电泳所用试剂：Taq DNA多聚酶、dNTPs和随机引物、Loading burffer、DNAMakeD(2002000)、琼脂糖等均购自上海生工生物工程公司，为加拿大Sangon公司的产品。
主要仪器:离心机、电容恒温鼓风干燥箱、PCR仪(Eppendorf公司)、电泳仪(BIORAD水平电泳系统)和UVP(凝胶成像系统VDS)。
1．2 方法
1.2.1样品处理
将实验用的各个样品进行编号运用微损技术取活体外套膜约100mg于对应编号的试管中, 100%乙醇浸泡，用于基因组DNA的提取。
1.2.2贝类基因组DNA的提取
将上述各组组织剪成小块,用预冷的研钵研碎,每100mg组织加1.2mL消化缓冲液(100mmol/LNaCl、25mmol/L EDTA (pH 8.0)、10mmol/L TrisCl (pH8.0)、0.5% SDS、0.1mg /L蛋白酶K)悬浮,再加入3μL RNaseA,然后于50℃振荡温育15 h,再用1. 2mL的V(酚)∶V(氯仿)∶V(异戊醇)= 25∶24∶1抽提[], 12000 r/m in下离心10m in。将上层(水溶液)转移至一个新管中,加入1/2体积7. 5mol/L乙酸铵和2体积100%乙醇, 12000 r/m in下离心2 m in.弃上清液,沉淀物用70%乙醇洗涤后,晾干。最后沉淀用200μl TE缓冲液(pH8.0)重新溶解,制成DNA母液。
目录
摘要1
关键词1
Abstract1
Key words1
引言（或绪论）1
1 材料与方法2
1.1 材料 2
1.2 方法 2
1.2.1 样品处理2
1.2.2 贝类基因组DNA的提取 2
1.2.3 RAPD反应方法 2
1.2.4 数据处理分析 3
2 结果与分析3
2.1 RAPD扩增结果3
2.2 遗传结构分析 3
3 讨论4
3.1 紫黑翼蚌的遗传多样性4
3.2 实验中的一些不足及注意事项4
致谢4
参考文献5
图1 紫黑翼蚌RAPD扩增电泳图谱6
表1各随机引物及其序列6
表2 9个各引物扩增所得的多态比率7
表 3 紫黑翼蚌各位点间的多样性指数和遗传多样性值的分布 7
RAPD分析紫黑翼蚌的遗传多样性
引言
紫黑翼蚌（Potamilus alatus），也称紫踵劈蚌[]，分布于美国南北的湖泊和河流，主要在密西西比河、大湖、墨西哥湾等流域，属大型淡水贝类，成蚌个体达20 cm以上，珍珠层厚实，呈紫黑色，且光滑细腻，极富光泽，外形、内部结构与我国三角帆蚌和褶纹冠蚌有一定的相似，主要栖息在淤泥或沙砾底质中[]。华丹的研究结果表明：紫黑翼蚌是培育紫黑色珍珠的优质品种，其个体的优势也是提高珍珠产量的保证[]。在美国弗吉尼亚州立理工大学淡水贝类保护中心（F *好棒文|www.hbsrm.com +Q: &351916072&
MCC），华丹通过一系列的繁殖生物学及生态学研究，首次突破了紫黑翼蚌的人工繁殖及早期幼蚌培育关键技术，2011年获得了世界上首批人工繁育的紫黑翼蚌幼蚌。2012年淡水渔业研究中心已从美国引进了该批人工繁育的紫黑翼蚌幼蚌。通过对紫黑翼蚌一年半的人工驯养及研究，已基本掌握了幼蚌的生物学、生态习性及生长发育规律，筛选出了适口饵料种类，总体成活率达到80%以上，这表明我国引进的首批紫黑翼蚌幼蚌不仅能适应目前的养殖条件和环境， 为进一步在国内突破紫黑翼蚌的人工繁育创造了重要条件。因此，在我国建立稳定的紫黑翼蚌繁育种群，掌握其种质状况和遗传背景十分必要。
Wiliams和Welsh在1990年建立的随机扩增多态DNA(RAPD)技术[],RAPD是建立于PCR基础之上的分子标记技术,基本原理是利用一个随机引物(810个碱基)通过PCR反应非定点地扩增DNA片段,之后用凝胶电泳分离扩增片段来进行DNA多态性研究.其优点是：(1)技术简单,检测速度快;(2)DNA用量少,实验设备简单,不需DNA探针;(3)引物是随机的,合成一套引物就可以用于不同生物基因组分析,一个引物就可扩增出许多片段;(4)不需要同位素,安全性好。所以以其独特的检测DNA多态性的方式很快渗透于基因研究的各个领域,现已广泛应用于家系分析及鉴定、种群及种系遗传分析、遗传连锁图的构建等方面。 RAPD 技术成功运用于研究贝类[]的种群遗传特性, 在海水贝类方面, 苏天凤等[]用RAPD技术对合浦珠母贝3 个养殖群体的多态性及遗传结构进行了分析；王爱民等[]对马氏珠母贝的遗传多样性进行RAPD分析；Andre 等[]运用RAPD 技术对幼贝进行物种分类。淡水贝类方面主要有华丹等[]用RAPD技术对三角帆蚌进行遗传多样性的研究。在国外, RAPD技术用于淡水双壳类和螺类[]的研究已有报导, 特别是对淡水有害种斑马贝[]的研究较多。
开展紫黑翼蚌遗传多样性分析评估，将为我国紫黑翼蚌建立有效的繁育种群和种质保存提供重要理论指导，为提高紫黑翼蚌的人工驯养提供参考,从而提高紫黑翼蚌的产珠能力和质量，进一步提升我国淡水珍珠在国际市场竞争力。
1 材料与方法
1．1 材料
紫黑翼蚌由中国水产科学院淡水研究中心于2012年从美国引进，于本中心淡水贝类实验室驯化饲养, 壳长69cm。
DNA提取主要试剂: 蛋白酶K、氯仿、异戌醇、异丙醇、无水乙醇、EDTA、SDS等。
PCR及电泳所用试剂：Taq DNA多聚酶、dNTPs和随机引物、Loading burffer、DNAMakeD(2002000)、琼脂糖等均购自上海生工生物工程公司，为加拿大Sangon公司的产品。
主要仪器:离心机、电容恒温鼓风干燥箱、PCR仪(Eppendorf公司)、电泳仪(BIORAD水平电泳系统)和UVP(凝胶成像系统VDS)。
1．2 方法
1.2.1样品处理
将实验用的各个样品进行编号运用微损技术取活体外套膜约100mg于对应编号的试管中, 100%乙醇浸泡，用于基因组DNA的提取。
1.2.2贝类基因组DNA的提取
将上述各组组织剪成小块,用预冷的研钵研碎,每100mg组织加1.2mL消化缓冲液(100mmol/LNaCl、25mmol/L EDTA (pH 8.0)、10mmol/L TrisCl (pH8.0)、0.5% SDS、0.1mg /L蛋白酶K)悬浮,再加入3μL RNaseA,然后于50℃振荡温育15 h,再用1. 2mL的V(酚)∶V(氯仿)∶V(异戊醇)= 25∶24∶1抽提[], 12000 r/m in下离心10m in。将上层(水溶液)转移至一个新管中,加入1/2体积7. 5mol/L乙酸铵和2体积100%乙醇, 12000 r/m in下离心2 m in.弃上清液,沉淀物用70%乙醇洗涤后,晾干。最后沉淀用200μl TE缓冲液(pH8.0)重新溶解,制成DNA母液。
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