利用降解组数据和芯片数据挖掘小麦赤霉病相关的mirna及其靶基因
：小麦赤霉病是一种非常严重的病害，对响应赤霉菌侵染的miRNAs及其靶基因进行研究，进而从表观遗传学水平上揭示小麦抵抗赤霉菌侵染的生理机制具有重要意义。降解组测序是一种结合了高通量测序技术、生物信息学分析和RACE验证三者的优势的新技术，并已成功应用于包括拟南芥、水稻等很多植物的研究中。基因芯片技术是一种能够快速、高通量地在转录组水平上研究基因的表达水平及变化的技术，也在植物遗传研究中得到了广泛应用。本实验利用降解组和芯片数据挖掘了与一个小麦赤霉菌侵染相关的miRNA osa-miR2928及其靶基因TC399622,该基因与ROS的生成相关，因而很有可能参与小麦抵抗赤霉菌侵染的抗病病程反应途径。
目录
摘要3
关键词3
Abstract3
Key words3
引言 3
1材料与方法4
1.1材料 4
1.1.1 MiRNA芯片杂交材料4
1.1.2构建降解组文库的材料4
1.2方法 4
1.2.1 RNA提取、标记、杂交和清洗4
1.2.2 MiRNA微型芯片的设计4
1.2.3数据处理4
1.2.4 RNA提取、small RNA克隆和降解组文库的构建5
1.2.5数据挖掘6
2 结果与分析6
2.1 响应赤霉菌侵染的miRNA6
2.2 获得miRNA的序列6
2.3预测miRNA的靶基因6
2.4 降解组数据验证miRNA的靶基因6
2.5靶基因对应的小麦Affymetrix 61K基因芯片编号7
2.6 MiRNA的靶基因响应赤霉菌侵染8
3讨论 9
致谢9
参考文献10
利用降解组和芯片数据挖掘与小麦赤霉病相关的miRNA及其靶基因
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摘要3
关键词3
Abstract3
Key words3
引言 3
1材料与方法4
1.1材料 4
1.1.1 MiRNA芯片杂交材料4
1.1.2构建降解组文库的材料4
1.2方法 4
1.2.1 RNA提取、标记、杂交和清洗4
1.2.2 MiRNA微型芯片的设计4
1.2.3数据处理4
1.2.4 RNA提取、small RNA克隆和降解组文库的构建5
1.2.5数据挖掘6
2 结果与分析6
2.1 响应赤霉菌侵染的miRNA6
2.2 获得miRNA的序列6
2.3预测miRNA的靶基因6
2.4 降解组数据验证miRNA的靶基因6
2.5靶基因对应的小麦Affymetrix 61K基因芯片编号7
2.6 MiRNA的靶基因响应赤霉菌侵染8
3讨论 9
致谢9
参考文献10
利用降解组和芯片数据挖掘与小麦赤霉病相关的miRNA及其靶基因
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