反刍动物瘤胃不同相核心微生物菌群分析

反刍动物瘤胃作为消化系统的核心部分，其瘤胃内定植了种类繁多的微生物，能够使其降解植物纤维，提供可吸收的营养物质给宿主用于生长发育，一旦瘤胃内微生物菌群组成发生明显的改变，将会直接影响动物正常的生理状态，甚至引发病变或死亡。本研究通过从相关数据库获取反刍动物瘤胃微生物不同相16S rRNA基因高通量测序数据，对比分析刍动物瘤胃不同相核心微生物菌群的差异。本试验共获取瘤胃壁、瘤胃液及瘤胃内容物样品76个，QIIME分析不同相瘤胃细菌 Shannon 平均指数分别为瘤胃内容物6.65、瘤胃壁6.09、瘤胃液6.41；Observed_species平均值分别为瘤胃内容物247、瘤胃壁168、瘤胃液209，且瘤胃液显著高于瘤胃壁（P < 0.05）。PCoA分析结果显示，瘤胃三相样品间差异明显，各自聚为一簇。物种注释结果显示，17个门、22个纲、27个目、34个科、 51个属在所有样品中被鉴定，瘤胃液中主要门为拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门，瘤胃上皮中主要门为拟杆菌门、厚壁菌门和黏胶球形菌门，瘤胃内容物主要门为拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门；瘤胃液中主要属为雷沃氏菌属、乳杆菌属和纤维杆菌属，瘤胃上皮中主要属为雷沃氏菌属，瘤胃内容物主要属为雷沃氏菌属。结果证明反刍动物瘤胃内不同相核心微生物菌群间存在较大差异。
目录
摘要 1
关键词 1
Abstract 1
Key words 1
引言 2
1材料与方法 3
1.1数据的搜集与下载 3
1.2数据整理 3
1.3生物信息学分析 5
1.4统计分析 5
2结果与分析 5
2.1α多态性分析 5
2.2 β多态性分析 6
2.3 分类学（Taxonomy）比较 6
3讨论 9
4结论10
致谢 10
参考文献 10
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