二花脸猪inha基因5＇utr和3＇utr区域snp的鉴定及其与产仔数关联的研究

目录
摘要3
关键词3
Abstract3
Key words3
引言 4
1材料与方法 5
1.1试验材料.5
1.2试验方法 5
1.2.1通过萃取稀释的原理制备样品DNA稀释液 5
1.2.2 目标位点引物的设计 6
1.2.3 目的片段PCR扩增条件的摸索6
1.2.3.1 INHA3PCR扩增条件的摸索6
1.2.3.2 INHA5PCR扩增条件的摸索6
1.2.4 多序列比对鉴别SNP 7
1.2.5 5’UTR区域目的片段PCR扩增7
1.2.6 利用凝胶电泳技术对扩增结果进行检测 7
1.2.7 对目的片段进行DNA测序 8
1.2.8 DNA测序结果与总产仔数关联分析 8
2结果与分析 8
2.1 测序结果8
2.2 结果分析 8
2.2.1 DNA测序结果与总产仔数关联分析8
3讨论9
3.1 SPN功能分析的思路以及相应的方法论 9
3.1.1 SPN功能分析的思路 9
3.1.2 预测SPN功能相应的方法论9
3.2 INHA基因的SNP与表型关联程度不显著的原因推测以及SNP影响基因表达量可能存在的机理10
3.3 进一步筛选影响高产仔性状主效基因11
3.4 影响猪产仔数性状的其它因素11
4 总结11
致谢11
参考文献 12
图1 INHA3摸条件PCR产物琼脂糖凝胶电泳图6
图2 INHA5摸条件PCR产物琼脂糖凝胶电泳图7
图3 INHA5 PCR产物琼脂糖凝胶电泳图7
图4 15号染色体上134507334bp位点三种基因型的测序图8
表1 二花脸产仔数极端高、低产组间产仔数差异性分析结果5
表2 15号染色体上134507334bp位点的基因型频率8
表3 纯种二花脸母猪1 *好棒文|www.hbsrm.com +Q: ^351916072* 
5号染色体上134507334bp位点与产仔数的关联分析结果9
二花脸猪INHA基因3UTR与5UTR区域SNP的鉴定及其与产仔数
关联的研究
引言
引言
二花脸猪因额头上的皱褶长得像一个二字，故名。主要分布在江阴、武进、无锡、常熟、?丹阳、宜兴及靖江等市、县。它的产仔率曾是洋猪的三倍，被国际畜牧界誉为世界猪种产仔之王，且肉质鲜美。但由于生长速度慢，产肉量远不及洋猪，而且瘦肉率较低，市场效益不高，因此不少农户纷纷改养其他品种，导致数量锐减。随着我国经济持续快速的发展，人们生活水平逐渐提高，对生活质量的期许越来越大，对优秀肉质的最求越来越大，因此，人们也越来越关注如何提高具有优秀肉质猪种的产仔数性能，提升猪场生产能力。
二花脸有着“世界猪种产仔之王”的美誉，也是我国养猪业可持续发展的重要资源。虽然多年以来国内已经有大量的研究机构利用二花脸来鉴别二花脸猪种高繁殖力的遗传机理，但限于研究方法、材料及繁殖性状本身复杂性等多方面因素的制约，二花脸猪种高繁殖力遗传机制还没有得到充分的揭示以及利用，并且二花脸猪种由于长期没有得到重视，其饲养和生存条件正在逐渐变差，导致其高繁殖力特性也有一定的退化[1]，因此研究二花脸猪的高产机理，并且保持其高产性能刻不容缓。
通过查阅文献可知，母猪本身的遗传基础对母猪的繁殖性能起决定性作用，通俗而言，表现出高产的母猪即具有高产基因, 表现出低产的母猪即具有低产基因[2]。产仔数是被复杂多基因控制的经济性状，遗传力十分低，采用传统的选育技术提高猪产仔数效果不佳 [3]，近些年，通过分子育种新技术来提高猪的繁殖性能倍受重视，我们可将其应用于二花脸猪中。
分子育种新技术的基础在于如何寻找出与提高猪产仔数相关的数量基因或基因座在基因组中所在的位置，即QTL。对QTL的定位必须要用遗传标记的方法，其原理是人们通过寻找遗传标记和感兴趣的数量性状之间的联系，将一个或多个QTL定位到位于同一染色体的遗传标记旁，也就是说，QTL和标记是连锁的。近几年QTL定位应用的较为广泛，在人类基因上，和疾病相关的的基因定位有很多方法，例如我国科研人员在研究系统性红斑狼疮(SLE)症时，以小鼠为实验目标，通过对小鼠的LN进行微卫星遗传标记的数量性状位点(QTL)分析，初步进行了LN易感基因染色体定位的研究，并成功确定了小鼠LN易感基因位点[4]。因此，在QTL定位方面看，从国际猪QTL数据库可以知道，目前已成功定位了616个与产仔数相关的QTL，其中报道的和二花脸猪种产仔数相关的QTL主要定位于1、5、6、7、8、12、13和15号染色体。然而由于QTL定位解析的分辨率不高，目前还没有研究小组成功鉴定到各染色体上影响二花脸猪产仔数的主效基因或因果突变位点。
根据贺丽春的博士论文[11]，其利用RNASeq技术检测高产二花脸母猪组（EH）、低产二花脸母猪组（EL）卵巢的相关基因。再通过有效的数据分析发现了二花脸猪种上表达模式差异的一系列基因。然后对表达模式存在差异的基因进行功能富集，GO注释排在前10位的生物功能是核糖或脱氧核糖核酸的合成与分解、氧化还原活性、体细胞DNA重组和多样化等，共富集到包括TGFβ信号通路在内的8个显著KEGG信号通路。通过对这些基因进行综合分析，3个EL组特异的基因（FOXE1、MC5R、和ACTA1），3个EL组上调的基因（ADAMTS1、RARRESL和SERPINE2）以及3个EH组下调的基因（INHBA、INHA和SPTA1）可能是影响排卵数或产仔数的候选基因，而其中的INHA等是已报道的具有调节卵泡生成功能的基因，INHA基因即抑制素A是TGFβ超家族中的一员,这个基因参与卵母细胞的生长、实现卵母细胞的发育潜能等卵子发生过程中的关键步骤。而且，INHA基因位于排卵数的QTL区域内，这个基因在低产母猪卵巢内的表达量显著高于高产母猪。因此，INHA基因被认为是影响二花脸猪产仔数的关键候选基因。

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