山楂叶螨的比较线粒体基因组学研究
蜱螨亚纲包括两个目真螨总目和寄螨总目。在已知蜱螨亚纲种类线粒体中，寄螨总目绝大多数种类的线粒体基因组排列模式与节肢动物祖先排列模式保持一致，同时，线粒体基因组中tRNA也保持典型的三叶草二级结构；而在真螨总目线粒体基因组中发现其基因发生高度重排，线粒体tRNA长度极度缩短。为了探究真螨总目线粒体基因组进化特征，本研究对山楂叶螨进行全线粒体基因组扩增和测序，得到山楂叶螨线粒体基因组核酸序列总长13026 bp，环状闭合包含37个基因，其基因高度重排，线粒体tRNA极度缩短。通过与叶螨科、真螨目以及节肢动物线粒体基因组比较得到以下结论1.基因数量正常没有缺失与增加；2.与叶螨科线粒体基因组排序一致，没有发生重排；3.trnI同时缺失D臂与T臂。
目录
摘要1
关键词1
Abstract1
Key words1
引言1
1材料与方法2
1.1材料2
1.2实验方法2
1.2.1标本制作2
1.2.2基因测序2
1.2.3MtDNA提取2
1.2.4PCR体系的设置2
1.2.5电泳5
2结果分析5
2.1凝胶电泳结果5
2.2山楂叶螨线粒体基因组7
2.3山楂叶螨线粒体基因组排序8
2.4tRNA二级结构推测9
3讨论10
3.1基因重排10
3.2非典型tRNA二级结构11
致谢11
参考文献12
山楂叶螨的比较线粒体基因组学研究
植物保护：肖雄
引言
引言
线粒体基因组具有一系列基因组水平的特征，如基因排序、RNA基因的二级结构以及复制和转录的控制模式等[1]，如今被广泛运用于种群遗传学、谱系地理学、分子进化、种系发生和比较及进化基因组学等多方面的研究[26]。如今对大多数的动物线粒体基因组都有了解，而对昆虫的线粒体基因组缺乏探究，尤其是螨类。典型的动物线粒体基因组是环状闭合的，有37个基因，但是在蜱螨亚纲已发现的39种寄螨总目中，有19种保留了祖先线粒体基因组排列模式，与 *好棒文|www.hbsrm.com +Q: ￥351916072$
此相比真螨总目中已知的27个种的线粒体基因组都发生了基因重排。
山楂叶螨属于蜱螨亚纲、真螨目、叶螨科。雌虫身体卵圆形，雄虫身体背面观呈菱形，体长0.4~0.6mm,有四对足，刺吸式口器。其在中国分布广泛，寄主广泛危害山楂、苹果、梨、桃、李等多种果树，是我国落叶果树的主要害螨之一，在我国北方果园危害较重。危害方式为吸食叶片与嫩芽的汁液，致使叶斑甚至叶片脱落，严重时影响产量。
本研究对山楂叶螨线粒体基因组进行扩增和测序，与典型动物线粒体基因组以及真螨总目线粒体基因组、叶螨总科线粒体基因组进行比较，探究其基因重排，tRNA结构变异等特点，为研究较少的螨类线粒体基因组增添一个种。从生物进化与基因规律方面，促进高阶元进化分析，验证叶螨科线粒体基因重排有着重要的意义。同时山楂叶螨对果树经济危害严重，对其研究也有着重要的经济价值。
材料与方法
1.1 材料
山楂叶螨Amphitetranychus viennensis 于2016年4月1日采自中国山东泰安，寄主为桃树，样本在作为DNA提取与标本制作之前用100％的乙醇保存于－20℃的冰箱中。
1.2实验方法
1.2.1 标本制作
将保存于酒精中的螨虫挑出，在显微镜观察下操作放置于载玻片上，加入少量Hoyers溶液浸没虫体，盖上盖玻片，烘干，最终保存于大学。
1.2.2基因测序
典型的动物线粒体基因组是环状闭合的，大概有37个基因，长度在15~20kb之间，其线粒体基因排序顺序大致相同[7]，要测序一个完整的基因组，本实验采取的方法是将提取的线粒体基因组中的短片段COI基因与Cob基因，用通用引物通过PCR扩增出来，在扩增的短片段上设计特异性引物，再用特异引物扩增COI与Cob之间的半个环，将两个半环拼在一块就是一个完整的基因组。
1.2.3MtDNA提取
1、1.5mL离心管里吸入35μL的ATL备用。
2、挑虫，将无水乙醇里的虫子用消过毒的挑虫针挑到上述备用的离心管中，每管只挑一只虫子（单头）。
3、用研磨棒研磨，另用145μL的ATL冲洗研磨棒。
4、加入20μL的蛋白酶K，离心。
5、金属浴（56℃，450r，3h）。
6、加入200μL的AL，轻微颠倒离心管使产生沉淀。
7、加入200μL无水乙醇，充分摇匀至油状澄清。
8、用移液枪将液体转移到过滤柱中（移柱子），放置一会，8000rpm，1min，离心，弃下液。
9、加入500μL的AW1，放置一会，8000rpm，1min，离心，弃下液。
10、加入500μL的AW2，放置一会，14000rpm，3min，离心，弃下液。
11、超净台吹干残留无水乙醇，加入100μL的AE，放置一会，8000rpm，1min，离心，将分理出的液体吸入0.2mL的PCR管中，标记好名称，放置24℃保存（此为高浓度mtDNA）。
12、加入100μL的AE，放置一会，8000rpm，1min，离心，将分理出的液体吸入0.2mL的PCR管中，标记好名称，放置24℃保存（此为低浓度mtDNA）
1.2.4 PCR体系的设置
CO1所用体系：
引物：bcdF01/bcdR04
表1.CO1酶体系Dream Tag
名称
剂量（ul）
mix
12.5
F1
0.5
R1
0.5
DNA
目录
摘要1
关键词1
Abstract1
Key words1
引言1
1材料与方法2
1.1材料2
1.2实验方法2
1.2.1标本制作2
1.2.2基因测序2
1.2.3MtDNA提取2
1.2.4PCR体系的设置2
1.2.5电泳5
2结果分析5
2.1凝胶电泳结果5
2.2山楂叶螨线粒体基因组7
2.3山楂叶螨线粒体基因组排序8
2.4tRNA二级结构推测9
3讨论10
3.1基因重排10
3.2非典型tRNA二级结构11
致谢11
参考文献12
山楂叶螨的比较线粒体基因组学研究
植物保护：肖雄
引言
引言
线粒体基因组具有一系列基因组水平的特征，如基因排序、RNA基因的二级结构以及复制和转录的控制模式等[1]，如今被广泛运用于种群遗传学、谱系地理学、分子进化、种系发生和比较及进化基因组学等多方面的研究[26]。如今对大多数的动物线粒体基因组都有了解，而对昆虫的线粒体基因组缺乏探究，尤其是螨类。典型的动物线粒体基因组是环状闭合的，有37个基因，但是在蜱螨亚纲已发现的39种寄螨总目中，有19种保留了祖先线粒体基因组排列模式，与 *好棒文|www.hbsrm.com +Q: ￥351916072$
此相比真螨总目中已知的27个种的线粒体基因组都发生了基因重排。
山楂叶螨属于蜱螨亚纲、真螨目、叶螨科。雌虫身体卵圆形，雄虫身体背面观呈菱形，体长0.4~0.6mm,有四对足，刺吸式口器。其在中国分布广泛，寄主广泛危害山楂、苹果、梨、桃、李等多种果树，是我国落叶果树的主要害螨之一，在我国北方果园危害较重。危害方式为吸食叶片与嫩芽的汁液，致使叶斑甚至叶片脱落，严重时影响产量。
本研究对山楂叶螨线粒体基因组进行扩增和测序，与典型动物线粒体基因组以及真螨总目线粒体基因组、叶螨总科线粒体基因组进行比较，探究其基因重排，tRNA结构变异等特点，为研究较少的螨类线粒体基因组增添一个种。从生物进化与基因规律方面，促进高阶元进化分析，验证叶螨科线粒体基因重排有着重要的意义。同时山楂叶螨对果树经济危害严重，对其研究也有着重要的经济价值。
材料与方法
1.1 材料
山楂叶螨Amphitetranychus viennensis 于2016年4月1日采自中国山东泰安，寄主为桃树，样本在作为DNA提取与标本制作之前用100％的乙醇保存于－20℃的冰箱中。
1.2实验方法
1.2.1 标本制作
将保存于酒精中的螨虫挑出，在显微镜观察下操作放置于载玻片上，加入少量Hoyers溶液浸没虫体，盖上盖玻片，烘干，最终保存于大学。
1.2.2基因测序
典型的动物线粒体基因组是环状闭合的，大概有37个基因，长度在15~20kb之间，其线粒体基因排序顺序大致相同[7]，要测序一个完整的基因组，本实验采取的方法是将提取的线粒体基因组中的短片段COI基因与Cob基因，用通用引物通过PCR扩增出来，在扩增的短片段上设计特异性引物，再用特异引物扩增COI与Cob之间的半个环，将两个半环拼在一块就是一个完整的基因组。
1.2.3MtDNA提取
1、1.5mL离心管里吸入35μL的ATL备用。
2、挑虫，将无水乙醇里的虫子用消过毒的挑虫针挑到上述备用的离心管中，每管只挑一只虫子（单头）。
3、用研磨棒研磨，另用145μL的ATL冲洗研磨棒。
4、加入20μL的蛋白酶K，离心。
5、金属浴（56℃，450r，3h）。
6、加入200μL的AL，轻微颠倒离心管使产生沉淀。
7、加入200μL无水乙醇，充分摇匀至油状澄清。
8、用移液枪将液体转移到过滤柱中（移柱子），放置一会，8000rpm，1min，离心，弃下液。
9、加入500μL的AW1，放置一会，8000rpm，1min，离心，弃下液。
10、加入500μL的AW2，放置一会，14000rpm，3min，离心，弃下液。
11、超净台吹干残留无水乙醇，加入100μL的AE，放置一会，8000rpm，1min，离心，将分理出的液体吸入0.2mL的PCR管中，标记好名称，放置24℃保存（此为高浓度mtDNA）。
12、加入100μL的AE，放置一会，8000rpm，1min，离心，将分理出的液体吸入0.2mL的PCR管中，标记好名称，放置24℃保存（此为低浓度mtDNA）
1.2.4 PCR体系的设置
CO1所用体系：
引物：bcdF01/bcdR04
表1.CO1酶体系Dream Tag
名称
剂量（ul）
mix
12.5
F1
0.5
R1
0.5
DNA
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