猪six1基因内含子1595处遗传变异位点多态性与猪生产性状的相关性分析
Six1基因是Six基因家族成员之一，Six基因家族属于Homeobox超基因家族的成员。这些基因都具有一个保守的183个核苷酸基序，可以编码61个氨基酸的同源结构域，这个结构域可以与特异的DNA序列结合，这种特异性结合可以活化或抑制相关靶基因的转录，从而对机体的发育起调控作用。过去二十年的研究表明，Six1是一个与器官发育，以及疾病发生的调节因子，尤其在骨骼肌和肿瘤的形成中发挥重要作用。因此，本研究将Six1基因作为影响猪肌肉生长与肌肉品质的重要候选基因，拟皮×杜×长×大F2代资源群为试验材料，采用PCR-RFLP的方法对Six1基因遗传变异位点在皮×杜×长×大F2代资源群中的等位基因与基因型频率进行检测，进一步对该遗传变异位点的多态性与商业猪群生产性状进行相关性分析。本研究的开展有望筛选出影响猪生长与肉质性状的候选分子标记。
目录
摘要 1
关键词 1
Abstract 1
Key words 1
引言 2
1 材料与方法 2
1．1 试验材料 2
1．1．1 试验猪群 2
1．1．2 实验样品 2
1．1．3 主要仪器与设备 3
1．1．4 主要试剂与耗材 3
1．2 试验方法 3
1．2．1 基因组DNA的提取 3
1．2．2 限制内切酶的确定与SNP位点分型引物设计 3
1．2．3 PCR扩增SNP位点片段 4
1．2．4 琼脂糖凝胶电泳检测PCR结果 4
1．2．5 PCRRFLP对SNP位点进行基因分型 4
1．2．6 统计分析 4
2 结果与分析 4
2．1 DNA凝胶检测结果 4
2．2 PCR扩增结果 5
2．3 基因分型结果 5
2．4 SNP位点多态性对生产性状的影响 6
致谢7
参考文献7
图1 基因组DNA凝胶检测结果5
图2 PCR扩增结果5
图3 猪Six1基因内含子1595处突变HindIIRFL *好棒文|www.hbsrm.com +Q: *351916072*
P酶切分型结果6
表1 基因分型引物3
表2 Six1基因内含子HindIIRFLP在皮×杜×长×大F2代资源群中的多态性6
表3 猪Six1基因内含子HindIIRFLP多态性对经济性状的影响6
猪Six1基因内含子1595处遗传变异位点多态性与猪生产性状的相关性分析
引言
Six1基因属于Six蛋白家族，Six蛋白家族是Homeobox超家族的一员。他们都有一个保守的183个核苷酸序列，可编码61个氨基酸的同源结构域，这些同源结构域可以与特异的DNA序列结合起来，从而激活或者抑制某些基因的转录，调控机体的发育生长。
Six家族成员是果蝇中对复眼的形成起关键作用的so（sine oculis）基因的同源基因，Six蛋白的主要特征是具有一个110115个氨基酸的SD结构域和一个60个氨基酸的HD结构域，两个结构域匀可与特异的DNA基因序列结合，在这些转录因子功能的发挥中扮演着重要的角色。哺乳动物Six家族拥有6个成员，根据HDs与SDs结构域氨基酸序列的相似性，将Six家族分为Six1/2，Six3/6与Six4/5三个亚群[1]。其中Six4、Six2与Six5蛋白可以与Atp1a1 Regulator Element元件结合，Atp1a1 Regulator Element元件是Na，KATPaseα1亚基基因的一个转录调控元件。Six1基因与Six4可以与生肌决定因子启动子序列中的保守基序Myogenetic Ehancer Factor 3元件结合[2]。
Six1是一个进化保守的转录因子，许多的研究表明其在器官发育和疾病发生中扮演着重要的角色[3, 4]。到目前为止，Six1基因已经在不同的有机体中被鉴定出来，从低等的无脊椎动物如水母和海绵，到高等脊椎动物如人类，猪，鸡，爪蟾和斑马鱼[5]。在人、小鼠中的研究表明，Six1基因是一个与肌肉发育相关的重要因子，而在猪中的研究同样显示Six1是一个骨骼肌高丰度表达的基因[6]。另外，有研究表明，Six1基因在肌纤维类型的转变中发挥着特别重要作用[7, 8, 9]。骨骼肌组织是猪机体最主要的组成部分，可占猪胴体重的40%以上。因此，骨骼肌组织的生长发育与猪生长速度有着紧密的联系。肌纤维作为肌肉组织的主要成分，其类型的差异是影响猪肌肉品质的重要因素之一，总体而言，慢型纤维比例高的猪肉具有相对好的肉质特性。因此，Six1基因是一个影响猪生长与肉质性状的重要候选基因。
那么，如何科学有效地保存和利用这些候选基因，并选择和培育出具有较好肉质性状的品种成为大家共同努力的目标。借助分子遗传标记方法是实现这个目标的前提和基础。分子遗传标记是以物种突变造成DNA片段或构象的多态性为标记进行遗传分析。与传统的育种方法相比，分子标记在很多方面具有优势，它不受时、空的限制，可以进行早期选种，缩短世代间隔，降低选育的成本，提高育种值的准确性，加快遗传改良的速度；并且可以鉴定不同性别、不同年龄的个体。在遗传力低的性状、晚期表现性状以及活体难以度量的性状（肉质性状）方面的更具有应用优势。随着研究方法的不断完善，分子标记作为分子育种手段在畜禽育种中日益显示出巨大的价值[10]。
目前，大量的研究工作虽然已鉴定了不少影响猪肉质性状的候选基因，并对这些基因的遗传变异，基因的多态性与肉质性状的关系，以及这些候选基因影响肉质性状的分子机理进行了初步的研究，但鉴定的真正可用于猪分子育种的分子标记屈指可数，而被国内外学者普遍公认的真正的影响猪肉质性状的主效基因则更少。因此，育种工作者在大范围开展分子育种之前，有必要鉴定更多的影响猪肌肉品质的主效基因，并利用各种技术手段对它们影响猪肌肉品质的分子机理进行深入的研究。
1 材料与方法
1．1 试验材料
1．1．1 试验猪群
以课题组所建立的皮×杜×长×大F2代资源群为试验对象。
1．1．2 实验样品
皮×杜×长×大F2代资源群个体基因组DNA样。
1．1．3 主要仪器与设备
超净工作台；PCR仪；电泳凝胶成像系统；恒温水浴箱；琼脂糖凝胶电泳装置；水平电泳槽；电泳仪；烧杯；保鲜膜；封口膜；浮漂；微波炉；250 ml 三角烧瓶台式高速离心机；小型旋转器；电冰箱：20℃，4℃；恒温水浴锅；可调式微量移液器；千分之一电子天平；高压消毒锅；摇床。
1．1．4 主要试剂与耗材
枪头（20 μl、20 0μl）及离心管(10 ml、1.5 ml）；容器盒；移液管；2ml收集管；Trizol Reagent；氯仿/异戊醇混合液；酚/氯仿/异戊醇混合液；NaAc缓冲液；无水乙醇；TE缓冲液；70%乙醇；rTaqDNA聚合酶mix（5 U/μl）；灭菌蒸馏水；限制性内切酶（20 U/μl）；10×酶切缓冲液；琼脂糖；1×TBE硼酸缓冲液；DNA Marker；核酸染料Godview。
目录
摘要 1
关键词 1
Abstract 1
Key words 1
引言 2
1 材料与方法 2
1．1 试验材料 2
1．1．1 试验猪群 2
1．1．2 实验样品 2
1．1．3 主要仪器与设备 3
1．1．4 主要试剂与耗材 3
1．2 试验方法 3
1．2．1 基因组DNA的提取 3
1．2．2 限制内切酶的确定与SNP位点分型引物设计 3
1．2．3 PCR扩增SNP位点片段 4
1．2．4 琼脂糖凝胶电泳检测PCR结果 4
1．2．5 PCRRFLP对SNP位点进行基因分型 4
1．2．6 统计分析 4
2 结果与分析 4
2．1 DNA凝胶检测结果 4
2．2 PCR扩增结果 5
2．3 基因分型结果 5
2．4 SNP位点多态性对生产性状的影响 6
致谢7
参考文献7
图1 基因组DNA凝胶检测结果5
图2 PCR扩增结果5
图3 猪Six1基因内含子1595处突变HindIIRFL *好棒文|www.hbsrm.com +Q: *351916072*
P酶切分型结果6
表1 基因分型引物3
表2 Six1基因内含子HindIIRFLP在皮×杜×长×大F2代资源群中的多态性6
表3 猪Six1基因内含子HindIIRFLP多态性对经济性状的影响6
猪Six1基因内含子1595处遗传变异位点多态性与猪生产性状的相关性分析
引言
Six1基因属于Six蛋白家族，Six蛋白家族是Homeobox超家族的一员。他们都有一个保守的183个核苷酸序列，可编码61个氨基酸的同源结构域，这些同源结构域可以与特异的DNA序列结合起来，从而激活或者抑制某些基因的转录，调控机体的发育生长。
Six家族成员是果蝇中对复眼的形成起关键作用的so（sine oculis）基因的同源基因，Six蛋白的主要特征是具有一个110115个氨基酸的SD结构域和一个60个氨基酸的HD结构域，两个结构域匀可与特异的DNA基因序列结合，在这些转录因子功能的发挥中扮演着重要的角色。哺乳动物Six家族拥有6个成员，根据HDs与SDs结构域氨基酸序列的相似性，将Six家族分为Six1/2，Six3/6与Six4/5三个亚群[1]。其中Six4、Six2与Six5蛋白可以与Atp1a1 Regulator Element元件结合，Atp1a1 Regulator Element元件是Na，KATPaseα1亚基基因的一个转录调控元件。Six1基因与Six4可以与生肌决定因子启动子序列中的保守基序Myogenetic Ehancer Factor 3元件结合[2]。
Six1是一个进化保守的转录因子，许多的研究表明其在器官发育和疾病发生中扮演着重要的角色[3, 4]。到目前为止，Six1基因已经在不同的有机体中被鉴定出来，从低等的无脊椎动物如水母和海绵，到高等脊椎动物如人类，猪，鸡，爪蟾和斑马鱼[5]。在人、小鼠中的研究表明，Six1基因是一个与肌肉发育相关的重要因子，而在猪中的研究同样显示Six1是一个骨骼肌高丰度表达的基因[6]。另外，有研究表明，Six1基因在肌纤维类型的转变中发挥着特别重要作用[7, 8, 9]。骨骼肌组织是猪机体最主要的组成部分，可占猪胴体重的40%以上。因此，骨骼肌组织的生长发育与猪生长速度有着紧密的联系。肌纤维作为肌肉组织的主要成分，其类型的差异是影响猪肌肉品质的重要因素之一，总体而言，慢型纤维比例高的猪肉具有相对好的肉质特性。因此，Six1基因是一个影响猪生长与肉质性状的重要候选基因。
那么，如何科学有效地保存和利用这些候选基因，并选择和培育出具有较好肉质性状的品种成为大家共同努力的目标。借助分子遗传标记方法是实现这个目标的前提和基础。分子遗传标记是以物种突变造成DNA片段或构象的多态性为标记进行遗传分析。与传统的育种方法相比，分子标记在很多方面具有优势，它不受时、空的限制，可以进行早期选种，缩短世代间隔，降低选育的成本，提高育种值的准确性，加快遗传改良的速度；并且可以鉴定不同性别、不同年龄的个体。在遗传力低的性状、晚期表现性状以及活体难以度量的性状（肉质性状）方面的更具有应用优势。随着研究方法的不断完善，分子标记作为分子育种手段在畜禽育种中日益显示出巨大的价值[10]。
目前，大量的研究工作虽然已鉴定了不少影响猪肉质性状的候选基因，并对这些基因的遗传变异，基因的多态性与肉质性状的关系，以及这些候选基因影响肉质性状的分子机理进行了初步的研究，但鉴定的真正可用于猪分子育种的分子标记屈指可数，而被国内外学者普遍公认的真正的影响猪肉质性状的主效基因则更少。因此，育种工作者在大范围开展分子育种之前，有必要鉴定更多的影响猪肌肉品质的主效基因，并利用各种技术手段对它们影响猪肌肉品质的分子机理进行深入的研究。
1 材料与方法
1．1 试验材料
1．1．1 试验猪群
以课题组所建立的皮×杜×长×大F2代资源群为试验对象。
1．1．2 实验样品
皮×杜×长×大F2代资源群个体基因组DNA样。
1．1．3 主要仪器与设备
超净工作台；PCR仪；电泳凝胶成像系统；恒温水浴箱；琼脂糖凝胶电泳装置；水平电泳槽；电泳仪；烧杯；保鲜膜；封口膜；浮漂；微波炉；250 ml 三角烧瓶台式高速离心机；小型旋转器；电冰箱：20℃，4℃；恒温水浴锅；可调式微量移液器；千分之一电子天平；高压消毒锅；摇床。
1．1．4 主要试剂与耗材
枪头（20 μl、20 0μl）及离心管(10 ml、1.5 ml）；容器盒；移液管；2ml收集管；Trizol Reagent；氯仿/异戊醇混合液；酚/氯仿/异戊醇混合液；NaAc缓冲液；无水乙醇；TE缓冲液；70%乙醇；rTaqDNA聚合酶mix（5 U/μl）；灭菌蒸馏水；限制性内切酶（20 U/μl）；10×酶切缓冲液；琼脂糖；1×TBE硼酸缓冲液；DNA Marker；核酸染料Godview。
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