猪系水力相关snp检测及其与肉质性状关联分析
系水力是最重要的肉品质指标之一，因此在养猪生产中提高猪肉系水力是改善猪肉品质、提高猪肉经济价值的重要途径。从实验室已有SNP芯片技术分析的猪全基因突变位点中，该研究筛选到与肌肉系水力潜在相关的候选位点INRA0038774。该位点位于12号染色体位置20865946，具有A/G多态性。然后本实验根据个体系水力高低各选取16头猪的DNA样品进行等浓度混池、扩增、电泳、DNA测序、基因分型等一系列测试，确认该SNP位点（INRA0038774）存在于该群体中。本实验针对该位点共分型样品120个，其中GG型36个，AA型32个，AG型52个，在系水力高组等位基因模式为A，在系水力低组等位基因模式为G。T检验结果显示AA型个体的系水力明显高于GG型个体（P <0.05）。综上所述，本研究证明SNP位点INRA0038774与猪肉系水力性状相关，为优质肉品种猪的选育提供了候选分子标记。
目录
摘要1
关键词1
Abstract1
Key words1
引言2
1材料与方法3
1.1材料 3
1.1.1 DNA提取等主要试剂3
1.1.2 主要仪器及实验器械3
1.2方法 3
1.2.1实验样品采集3
1.2.2肌肉DNA的提取3
1.2.3 DNA的纯度和浓度测定4
1.2.4 构建DNA样品混池4
1.2.5引物的设计和合成4
1.2.6 PCR反应体系和程序5
1.2.7 琼脂糖电泳检测5
1.2.8 候选SNP位点测序验证5
1.2.9突变位点基因分型（PCRSSCP分型)5
1.2.10基因频率、基因型频率分析6
1.2.11候选SNP位点与系水力相关分析6
2 结果与分析6
2.1 系水力高低组样品选择6
2.2突变位点的测序验证6
2.3突变位点基因分型7
2.4基因频率与基因型频率分析7
2.5基因型与系水力的关系8
3 讨论 9
致谢10
*好棒文|www.hbsrm.com +Q: *351916072*
参考文献10
猪系水力相关SNP检测及其与肉质性状关联分析
引言
引言：系水力是指当肌肉受到外力作用时，如加压、切碎、加热、冷冻、解冻、腌制等加工或贮藏条件下，保持其原有水分及添加水分的能力[1]。研究表明，肌肉蛋白质净电荷含量、肌细胞的结构、肌细胞骨架构成、细胞膜、肌肉收缩以及遗传因素、环境因素等均对肌肉系水力有影响，其中肌肉品质遗传因素的研究主要集中在氟烷基因、酸肉基因等缺陷基因方面[2,3]。在养猪生产中猪肉系水力高低直接影响着猪肉的品质，提高猪肉系水力是改善猪肉品质，提高猪肉经济价值的重要途径。
实验室前期采用Illumina Porcine 60K SNP 芯片（包含62163个SNP位点），对24个个体进行全基因组分型，通过关联分析发掘与失水率性状相关的SNP位点。以F值大于3为标准，在全基因组范围共筛选到5520个SNP位点，剔除无染色体位置信息和定位于X染色体上的位点后，共获得4239个SNP位点分别位于猪的18条常染色体上，其分布如图1所示，每条染色体上SNP位点数量及平均分布密度如表1所示[4,5]。
图1 18条染色体上的SNP位点F值
Fig.1 Distribution and F values of SNPs on 18 chromosomes
表1 18染色体上SNP位点数量及平均分布密度
Table 1 Numbers and average density of SNPs on 18 chromosomes
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
SNP个数
544
247
158
291
272
169
393
297
340
107
117
99
352
269
146
132
189
117
染色体长度 (Mbp)
320
163
145
143
112
158
135
148
154
79
88
64
219
154
158
87
70
61
SNP密度(Number/Mbp)
1.7
1.5
1.1
2.0
2.4
1.1
2.9
2.0
2.2
1.3
1.3
1.6
1.6
1.7
0.9
1.5
2.7
1.9
该课题从实验室已有SNP芯片技术分析的猪全基因突变位点中，筛选到与肌肉系水力潜在相关的候选位点INRA0038774，进行测序验证分析。该位点位于12号染色体位置20865946。然后针对该位点对猪群中个体进行基因分型，通过关联分析确定不同基因型与系水力的关系。
1 材料与方法
1.1 材料
1.1.1 DNA提取等主要试剂
裂解液、蛋白酶K、rTag酶、饱和酚、氯仿、异戊醇、无水乙醇等分析纯试剂、琼脂糖、DNA Marker、缓冲液、DNA Green核酸染液等：南京寿德试剂有限公司。
1.1.2 主要仪器及实验器械
仪器：低温高速离心机、超净工作台、超低温冰箱、紫外分光光度计、可调式微量移液器、GEL EQ凝胶成像系统、电子天平、高压消毒锅、恒温水浴锅、土壤允许膨胀压缩仪。
器械：手术镊子、手术剪、手术刀、医用纱布、游标卡尺、圆形取样器、新华定性滤纸、自封袋、标签纸。
1.2 方法
1.2.1 实验样品采集
本研究所选实验动物为杜长大三元杂种猪（杜洛克×长白×大约克）均来自江苏省南通市海安县嘉伦食品厂，在相同饲养条件下饲养。屠宰后在最后一节腰椎处采集背最长肌并保存在液氮罐里。
通过SNP芯片技术分析的猪全基因突变位点中，筛选到与肌肉系水力潜在相关的候选位点INRA0038774，根据系水力测定结果，选择高低失水率样品各16个组成高组（H）和低组（L）保存在液氮中分别用于核酸提取。本实验中系水力的测定采用的是压力法[6]，系水力的计算方法如下：
目录
摘要1
关键词1
Abstract1
Key words1
引言2
1材料与方法3
1.1材料 3
1.1.1 DNA提取等主要试剂3
1.1.2 主要仪器及实验器械3
1.2方法 3
1.2.1实验样品采集3
1.2.2肌肉DNA的提取3
1.2.3 DNA的纯度和浓度测定4
1.2.4 构建DNA样品混池4
1.2.5引物的设计和合成4
1.2.6 PCR反应体系和程序5
1.2.7 琼脂糖电泳检测5
1.2.8 候选SNP位点测序验证5
1.2.9突变位点基因分型（PCRSSCP分型)5
1.2.10基因频率、基因型频率分析6
1.2.11候选SNP位点与系水力相关分析6
2 结果与分析6
2.1 系水力高低组样品选择6
2.2突变位点的测序验证6
2.3突变位点基因分型7
2.4基因频率与基因型频率分析7
2.5基因型与系水力的关系8
3 讨论 9
致谢10
*好棒文|www.hbsrm.com +Q: *351916072*
参考文献10
猪系水力相关SNP检测及其与肉质性状关联分析
引言
引言：系水力是指当肌肉受到外力作用时，如加压、切碎、加热、冷冻、解冻、腌制等加工或贮藏条件下，保持其原有水分及添加水分的能力[1]。研究表明，肌肉蛋白质净电荷含量、肌细胞的结构、肌细胞骨架构成、细胞膜、肌肉收缩以及遗传因素、环境因素等均对肌肉系水力有影响，其中肌肉品质遗传因素的研究主要集中在氟烷基因、酸肉基因等缺陷基因方面[2,3]。在养猪生产中猪肉系水力高低直接影响着猪肉的品质，提高猪肉系水力是改善猪肉品质，提高猪肉经济价值的重要途径。
实验室前期采用Illumina Porcine 60K SNP 芯片（包含62163个SNP位点），对24个个体进行全基因组分型，通过关联分析发掘与失水率性状相关的SNP位点。以F值大于3为标准，在全基因组范围共筛选到5520个SNP位点，剔除无染色体位置信息和定位于X染色体上的位点后，共获得4239个SNP位点分别位于猪的18条常染色体上，其分布如图1所示，每条染色体上SNP位点数量及平均分布密度如表1所示[4,5]。
图1 18条染色体上的SNP位点F值
Fig.1 Distribution and F values of SNPs on 18 chromosomes
表1 18染色体上SNP位点数量及平均分布密度
Table 1 Numbers and average density of SNPs on 18 chromosomes
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
SNP个数
544
247
158
291
272
169
393
297
340
107
117
99
352
269
146
132
189
117
染色体长度 (Mbp)
320
163
145
143
112
158
135
148
154
79
88
64
219
154
158
87
70
61
SNP密度(Number/Mbp)
1.7
1.5
1.1
2.0
2.4
1.1
2.9
2.0
2.2
1.3
1.3
1.6
1.6
1.7
0.9
1.5
2.7
1.9
该课题从实验室已有SNP芯片技术分析的猪全基因突变位点中，筛选到与肌肉系水力潜在相关的候选位点INRA0038774，进行测序验证分析。该位点位于12号染色体位置20865946。然后针对该位点对猪群中个体进行基因分型，通过关联分析确定不同基因型与系水力的关系。
1 材料与方法
1.1 材料
1.1.1 DNA提取等主要试剂
裂解液、蛋白酶K、rTag酶、饱和酚、氯仿、异戊醇、无水乙醇等分析纯试剂、琼脂糖、DNA Marker、缓冲液、DNA Green核酸染液等：南京寿德试剂有限公司。
1.1.2 主要仪器及实验器械
仪器：低温高速离心机、超净工作台、超低温冰箱、紫外分光光度计、可调式微量移液器、GEL EQ凝胶成像系统、电子天平、高压消毒锅、恒温水浴锅、土壤允许膨胀压缩仪。
器械：手术镊子、手术剪、手术刀、医用纱布、游标卡尺、圆形取样器、新华定性滤纸、自封袋、标签纸。
1.2 方法
1.2.1 实验样品采集
本研究所选实验动物为杜长大三元杂种猪（杜洛克×长白×大约克）均来自江苏省南通市海安县嘉伦食品厂，在相同饲养条件下饲养。屠宰后在最后一节腰椎处采集背最长肌并保存在液氮罐里。
通过SNP芯片技术分析的猪全基因突变位点中，筛选到与肌肉系水力潜在相关的候选位点INRA0038774，根据系水力测定结果，选择高低失水率样品各16个组成高组（H）和低组（L）保存在液氮中分别用于核酸提取。本实验中系水力的测定采用的是压力法[6]，系水力的计算方法如下：
版权保护: 本文由 hbsrm.com编辑，转载请保留链接: www.hbsrm.com/yxlw/dwyx/714.html
